传统的真菌分类鉴定主要是按照真菌的形态、生长以及生理生化等特征对真菌进行分类。然而真菌的种类繁多，个体多态性明显，而且其生长、生理生化特征也会随着环境的变化而不稳定。因此，采用传统的方法对真菌进行正确的分类存在较大的困难。
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环境微生物群落多样性分析，基于Roche 454 FLX +、Illumina MiSeq等第二代高通量测序平台，对核糖体RNA高变区域，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。
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鸟枪法战略（Shotgun Strategy）又称随机测序战略，是由美国塞莱拉遗传公司创始人克雷格•文特尔发明，主要针对大片段的全长测序
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1. 根据基因序列设计特异性的引物和荧光探针；2. 提取样品的RNA/DNA，并反转录成cDNA3. Real-Time PCR，进行实验结果分析；4. 提供完整的实验报告。
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真菌属于较低等的真核生物，种类繁多，在自然界中分布广泛。据估计，全世界约有150万种真菌，其中包含许多具有重要的药用价值和食用价值的有益真菌，同时也存在着大量能引发动植物病害的致病菌。因此，合理利用有益真菌，控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的
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技术特点1. 原理简单，容易掌握，适合短基因片段的SNP筛查。2. 检出率接近100%。3. 可以发现新的SNP位点。
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微生物因为体积小、质量轻、适应性强、繁殖能力强等特点，广泛分布于自然界中。通过DNA测序对微生物进行物种鉴定（菌种鉴定）是比传统生化鉴定更先进的鉴定方法。DNA测序不依赖菌种本身特点，对所有菌种均可使用。比传统生化鉴定更加快速，准确。
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MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术，它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪，每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。
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